На клавиши Alt-F2 в xfce назначена программа xfrun4 — запуск других прогамм. Неожиданно она стала запускаться с паузой в несколько секунд.

Это баг

Пока решения нет, можно пользоваться обходным путем. В диспетчере настроек — «Клавиатура» — «Комбинации клавиш» на Alt-F2 нужно повесить команду xfrun4 --disable-server.